Sophie Limou: I’m Sophie Limou. I’m a professor in human genetics here in Centrale Nantes. I also lead a research team in the CR2TI – the Center for Research in Transplantation and Translational Immunology at Nantes University Hospital – and that’s an INSERM research group.
SL: I joined Centrale Nantes to build a new engineering curriculum at the interface between computer sciences and health and the biomedical field. I wish that such a curriculum had existed when I was myself a student. We built this programme back in 2016, so it’s been 7 years and we’re very happy about the enthusiasm of the students for this programme. I was also very interested in coming to Nantes to build a new interdisciplinary research group using modern biotechnologies and working with clinicians, statisticians and computer scientists.
SL: Our research group focusses on determining the molecular mechanisms underlying kidney transplantation outcomes. For that we focus on clinical events occurring before transplantation, at the time of transplantation and after kidney transplantation. The idea before transplantation is to study the kidney diseases that lead to kidney failure and kidney transplantation. At the time of transplantation, we’re trying to improve the genetic compatibility between donors and recipients. And after transplantation, we’re trying to better monitor the patient, try to understand how they evolve toward clinical events and the idea is to try to better predict the events in order to better treat them, better monitor them, and try to prevent the different clinical events occurring. For that we are working with modern biotechnologies, building what we call ‘omics’, or biomedical big data, and for that we need an interdisciplinary research group in order to build what we call ‘precision medicine’ for the patients. So, in Centrale Nantes there is a big opportunity to build bridges between the engineering curriculum and the engineering expertise we do have in Centrale Nantes with the hospital and with the INSERM research group. For that we do have fantastic computer scientists, data scientists who can contribute to our research. And at the same time, we’re very lucky because in Nantes we have one of the largest kidney transplantation facilities in Europe. So, we have the elements for running great research on kidney transplantation with an interdisciplinary group.
SL: I work with people from different backgrounds as I was saying - people with engineering backgrounds in data science, statistics, as well as people from the biomedical field: clinicians and biologists. I work with people here in Nantes, but also with people from other French centres such as Necker in Paris, and other centres in Europe and in the US, such as Groningen University, the Royal College of Surgeons in Ireland, and Columbia University.
SL: Thanks to the great cohort that we’ve built on kidney transplantation - right now we have one of the largest cohorts dedicated to kidney transplantation – we are now exploring the genetic factors and the genetic compatibility between donors and recipients in the context of kidney transplantation. We are also working closely with an international consortium dedicated to better understanding the molecular factors associated with kidney transplantation outcomes. That’s for the short term. In the longer term, genetics does not explain everything, so we need to integrate DNA with other molecular strata from the cell. So, we’re trying to build a multi-omic strategy, which is a systemic biology strategy, to capture all the complexity of the biological mechanisms involved in kidney transplantation. And finally, we are trying to implement similar strategies to investigate other organ transplantation systems and we have started already building a similar cohort for lung transplantation with Nantes and other clinical centres.
Sophie Limou : Je m'appelle Sophie Limou. Je suis professeure en génétique humaine à Centrale Nantes.
SL : Je suis aussi responsable d'une équipe de recherche au sein du CR2TI - Centre de Recherche en Transplantation et Immunologie Translationnelle au CHU de Nantes - qui est un groupe de recherche de l'Inserm. De formation biologiste, j'ai d'abord suivi une formation agronomique dans une école d'ingénieurs, puis une formation universitaire en santé et physiologie humaines et en bio-informatique. J'ai ensuite fait un doctorat à Paris portant sur les facteurs génétiques de l'hôte chez les patients atteints du VIH. Par la suite, j'ai passé six ans aux États-Unis, au NIH (National Institutes for Health), un institut de recherche financé par des fonds publics, tout comme la NASA, mais pour la recherche biomédicale. Dans ce cadre, j'ai étudié les disparités en matière de santé pour les patients atteints du VIH et les patients souffrant de maladies rénales.
SL : J'ai rejoint Centrale Nantes pour construire un nouveau cursus d'ingénieur à l'interface de l'informatique, de la santé et du biomédical. J'aurais bien aimé qu'un tel cursus existe lorsque j'étais moi-même étudiante ! Nous avons construit ce programme en 2016 ; cela fait donc 7 ans et nous nous réjouissons de l'enthousiasme des étudiants pour ce programme. J'étais également très intéressée de venir à Nantes pour construire un nouveau groupe de recherche interdisciplinaire faisant appel aux biotechnologies modernes et en collaboration avec des cliniciens, des statisticiens et des informaticiens.
SL : Notre groupe de recherche se concentre donc sur la détermination des mécanismes moléculaires qui sous-tendent les résultats de transplantations rénales. Pour ce faire, nous nous concentrons sur les événements cliniques survenant avant la transplantation, au moment de la transplantation et après la transplantation rénale. Avant la transplantation, nous cherchons à étudier les maladies rénales qui conduisent à une insuffisance rénale et à la transplantation rénale. Au moment de la transplantation, nous essayons d'améliorer la compatibilité génétique entre donneurs et receveurs. Après la transplantation, nous essayons de mieux suivre le patient, de comprendre comment il évolue vers des événements cliniques. Notre objectif est donc de mieux prédire les événements afin de mieux les traiter, de mieux les suivre et de prévenir les différents événements cliniques. Dans cette perspective, nous travaillons avec les biotechnologies modernes, en construisant ce que nous appelons les « omics », ou big data biomédical, et pour cela, nous avons besoin d'un groupe de recherche interdisciplinaire afin de construire ce que nous appelons la « médecine de précision » pour les patients. Il existe ainsi à Centrale Nantes une formidable opportunité de créer des synergies entre le cursus d'ingénieur et les compétences en ingénierie dont nous disposons à Centrale Nantes avec l'hôpital et le groupe de recherche de l'Inserm. Pour cela, nous avons des informaticiens exceptionnels, des data scientists qui peuvent contribuer à notre recherche. En même temps, nous avons la chance d'avoir à Nantes l'un des plus grands centres européens de transplantation rénale. Nous disposons donc des éléments nécessaires pour mener une recherche de qualité sur la transplantation rénale avec un groupe interdisciplinaire.
SL : Comme je le disais, je travaille avec des personnes d'horizons différents : des ingénieurs spécialisés dans la science des données et les statistiques, ainsi que des cliniciens et des biologistes du secteur biomédical. J’ai des collaborations ici à Nantes, mais aussi avec d'autres centres français comme Necker à Paris, et d'autres centres en Europe et aux États-Unis, comme l'Université de Groningue, le Royal College of Surgeons en Irlande, et l'Université de Columbia.
SL : Grâce à la grande cohorte que nous avons constituée sur la transplantation rénale - nous disposons actuellement de l'une des plus grandes cohortes consacrées à la transplantation rénale - nous explorons maintenant les facteurs génétiques et la compatibilité génétique entre donneurs et receveurs dans le contexte de la transplantation rénale. Nous travaillons également en étroite collaboration avec un consortium international visant à mieux comprendre les facteurs moléculaires associés aux résultats des transplantations rénales. Tout cela est à court terme.
À plus long terme, comme la génétique n'explique pas tout, nous devons intégrer l'ADN à d'autres strates moléculaires de la cellule. Nous essayons donc d'élaborer une stratégie « multi-omic », qui est une stratégie de biologie systémique, pour saisir toute la complexité des mécanismes biologiques impliqués dans la transplantation rénale. Enfin, nous essayons de mettre en œuvre des stratégies similaires pour étudier d'autres systèmes de transplantation d'organes et nous avons déjà commencé à constituer une cohorte similaire pour la transplantation pulmonaire avec Nantes et d'autres centres cliniques.
