Le ministère de l'enseignement supérieur, de la recherche et de l'innovation supervise le travail des organismes publics de recherche et des établissements d'enseignement supérieur et de recherche par l'intermédiaire de :
La recherche à Centrale Nantes est menée par six laboratoires de recherche, dont cinq sont des unités mixtes de recherche avec le CNRS. Quatre laboratoires travaillent également conjointement avec un troisième (ou plus) partenaire de recherche - université, grande école ou institut de recherche. Ces six laboratoires rassemblent près de 900 chercheurs et plus de 300 doctorants.